在全国股转公司发布的深改细则征求意见稿中，涉及券商的主要有以下规则：
　　《全国中小企业股份转让系统股票向不特定合格投资者公开发行并在精选层挂牌规则(试行)(征求意见稿)》(简称《公开发行规则》)起草说明提到，“公司申请股票公开发行并在精选层挂牌的，应当聘请证券公司保荐承销，其中保荐机构应当由发行人主办券商或主办券商子公司担任。”
　　《全国中小企业股份转让系统股票交易规则(征求意见稿)》(简称《股票交易规则》)第十四条规定，精选层股票采取竞价交易方式，且“经中国证监会批准，精选层竞价交易可以引入做市商机制”。
　　对此，安信证券新三板研究团队负责人诸海滨认为：“原来新三板的券商业务主要就是挂牌、督导为主的投行业务，加上做市业务，业务链条较短，组织架构简单。而深改之后，券商新三板业务的涉及面将更广，除了目前的业务外，承销保荐的投行业务、交易方面的经纪业务等都会涉及。”
　　诸海滨说，根据此次正在征求意见的深改细则，新三板的交易方式、发行方式、投资者准入门槛都将发生了不小的变化，且未来新三板精选层将作为一条新的通道对接沪深交易所，因此与之息息相关的新三板券商业务链条被拉长，业务重心将发生变化，组织架构面临调整。
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　　一般而言，券商新三板业务目前呈现两种组织架构方式：一种是成立新三板部或者场外市场部门，另一种是将三板的投行、经纪、做市业务归口到券商各个相对应业务部门的框架中。“如果成立统一的新三板部或者场外市场部，要看新三板的业务量能否支撑其成为独立部门，如果业务量较小，后一种组织架构形式则更为合适。”诸海滨说。
　　某大型券商新三板业务部门负责人向记者透露，如果成立统一的新三板部门，由于原有三板业务以挂牌和督导为主，未来新三板推行公开发行制度将涉及与投行业务相关的股票公开发行业务，因此可能会出现三板部门与投行团队在项目上“打架”的现象。

　　海通证券的新三板部门目前隶属于投行部门，因此不会出现业务“打架”现象。“海通的新三板业务部门原来的定位是为IPO输送‘弹药’，因此隶属于投行部门。在精选层即将推出的当口，这样的组织架构是有利的。”海通证券新三板业务负责人崔伟告诉记者，“2017年至2018年，我们有一部分三板业务人员流失，但是大部分还在，而且部分人员在这段时间里拿到了保代资格。”
　　“此次改革之后，投行业务链条明显拉长，重心将由持续督导业务转移至保荐和承销业务。保荐业务就涉及保荐人资源够不够，是否要引入新的保荐人等问题。承销业务则涉及寻找更多的合格投资者参与公开发行，就会出现如果发行失败则必须包销等问题。总体来说，新三板整个投行业务板块‘升级’了。”诸海滨说。
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　　申万宏源新三板资深分析师刘靖认为，承销业务比保荐业务需要更长的落地时间。“虽然保荐人需要有专门的资格，但很多具体事务新三板业务部门的人就可以操作。承销业务则不然，新三板目前的合格投资者界定并不明确，而且寻找合格投资者是一件没有既往经验可循的工作。”
　　至于券商经纪业务和做市业务，诸海滨告诉记者，由于合格投资者门槛的降低，经纪业务的范围也拓宽了，而且新三板未来或尝试混合做市交易制度。
　　专家们认为，对于券商而言，新三板此次深改无疑是全新的机遇，但是新业务的挑战也不少，敢于创新的中小券商反而可能会赢得机会。
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